Основната дејност и надлежности на Клиниките, Болниците, Здравствените домови, и други здравствени установи  се:
-лекарски прегледи и други видови медицинска помош со цел за утврдување, следење и проверување на здравствената состојба;
-преземање на стручно-медицински мерки, мерки и постапки за унапредување на здравствената состојба, односно спречување, сузбивање и рано откривање на болестите и други нарушувања на здравјето;
-укажување на итна медицинска помош;
-лекување во ординација, односно во станот на корисникот;
-здравствена заштита во врска со бременоста и породувањето;
-спроведување на превентивните, терапевтските рехабилитационите мерки;
-превенција, лекување и санирање на болести на устата и забите;
-лекови, помошни материјали кои служат за примена на лековите и санитетски материјал потребен за лекување според листата лекови што ја утврдува Министерството за здравство;
-здравствено воспитување со систематска работасо здравото и болното население;
-испитување и утврдување на заболувањата, повредите и здравствената состојба на осигуреницитево специјалистичко-консултативната здравствена заштита;
-спроведување на специјализирани дијагностички, терапевтски и рехабилитациони постапки;
-протези, ортопедски и други помагала, помошни и санитетски справи и заботехнички средства, утврдени со општ акт на Министерството за здравство;
-испитување и утврдување на здравствената состојба, лекување, рехабилитација, нега, сместување и исхрана во болнички услови.

Примарната обврска на Републичкиот завод за здравствена заштита како мултидисциплинарна, научна и наставна установа е да ја следи состојбата во Македонија од аспект на здравствената превентива и да алармира до надлежните институции секогаш кога, ќе се оцени дека за тоа има потреба. РЗЗЗ може успешно да ја остварува оваа дејност само со сестрана и кооридинирана соработка со Регионалните заводи за здравствена заштита, министерствата за здравство и за екологија, здравствените институции и сите други организации кои на кој било начин се врзани со неговата работа.
РЗЗЗ дејствува во областа на превентивната медицина преку секторите за епидемиологија и микробиологија, за хигиена и заштита на човековата околина, за социјална медицина и за контрола и испитување на лекови и притоа ги врши следните активности:
-ги следи и проучува заразните заболувања кои се регистрират во републиката;
- изготвува информации, анализи и извештаи за заразните заболувања;
- подготвува предлага годишни Програми од областа на заразните заболувања и имунизацијата;
- учествува, во соработка со заводите, во проучувањето и спречувањето на појава и ширењето на епидемии од поголеми размери или на опасноста од појава и ширење на заболувања во вонредни состојби, како и карантински и други особено опасни заразни заболувања;
-изработува стручно-методолошки упатства од областа на својата дејност;
-учествува во подготовката на нацрт-законските прописи;
-учествува во Програмата за спроведување на задолжителна имунизација на населението во Република Македонија против определени заразни болести;
-врши микробиолошка дијагностика на заразните заболувања, здравствени прегледи на вработените во прехрана, здравство, просвета и др.;
- бактериолошки испитувања на храна, вода, контрола на чистота, стерилнист и др;
- директно учество во теренските епидемиолошки истражувања во републиката и укажување на стручно-методолошка помош;
- следење и контрола на спроведувањето на задолжителната имунизација во републиката;
-следење на санитарно-хигиенската состојба во снабдувањето со вода за пиење, хигиенскиот квалитет на површинските и отпадните води, како и нивото на санитација на животната средина;
-следење на хигиенскиот квалитет на воздухот како во комунална средина така и на поедини извори на загадување по утврдена индикација;
-спроведување на методолошките упатства за управување со медицинскиот инфективен отпад од здравствените установи во Скопје;
-испитување на  квалитетот на прехранбените производи согласно соодветните Правилници и прописи; 
-го следи степенот на радиоактивната контаминација на животната и работната срединасредина во Република Македонија;
-ја испитува контаминацијата со радиоактивни материи на: воздухот, атмосферските талози,почвата, географските води,сточната храна,предметите за општа употреба, лековите и помошните лековити средства, градежни материјали и др.
-врши здравствени прегледи на лица што работат со извори на јонизирачко зрачењеи и мислење за нивната работоспособност;
- врши превентивни медицински прегледи на лица кои се под здравствен надзор согласно Законот за спречување на заразни болести со цел откривање на клицоносителсто;
- изработува студии и проекти за спроведување и подготвува планови и проекти за реализација на здравствената политика и за развој на здравствената заштита на територијата на Македонија, во целост, по дејности и по категории на население;
-предлага мерки за решавање на одреден здравствен проблем од областа на организацијата, планирањето и развојот на здравствената дејност;
- учествува во утврдување на потреби на населението за одредени видови на здравствена заштита и организација и развој на одделни здравствени служби;
-учествува во утврдување на основи и изготвување план на развивање на мрежата на здравствени организации на територија на Републиката;
-учествува во изготвувањето на современи методологии за планирање и спроведување на научно-истражувачката дејност во областа на социјалната медицина и јавното здравство;
-учествува во образовна дејност, едукација и стручно усовршување на здравствени работници од различни профили од областа на социјална медицина и организација;
- преку софтверска обработка на податоци ги води и публицира националните регистри " Регистар за рак во Република Македонија", "Регистар за шеќерна болест во Република Македонија", изготвува публикации за лекуваните во примарната здравствена заштита "Амбулантно поликлинички морбидитет во Македонија" и за стационарно лекуваните лица во болничките одделенија "Болнички морбидитет и морталитет во Република Македонија";
- прецизно ги евидентира кадрите во здравството преку добро формирана компјутерска база на податоци;
- соработува со државни и меѓународни институции и организации (како СЗО, ЕУРОСТАД, ЕУ и др.) за следење и применување на новините во својата дејност;
- изготвува национални здравствени индикатори;
- спроведува здравствено-воспитна дејност преку изработка на глобални и специфични републички програми за здравствено воспитание;
- врши евалуација на функционалната активност и искористеноста на здравствената служба;
- обезбедува стручно-методолошка помош на здравствените организации, од областа на социјалната медицина и економиката во здравството;
-дизајнира и имплементира проекти од областа на контрола и превенција на повредите и насилството;
-врши испитување и контрола на суровини за козметика, средства за одржување на лична хигиена, за нега и разубавување на лицето и телото и средства за одржување на чистотата во домаќинството;

Подетални информации можете да добиете на телефоните: 02 3125 044, 02 3226-510 и 02 3223-354